InterPro

Az InterPro fehérjecsaládok, fehérjedomének és funkciós helyek adatbázisa, ahol ismert fehérjék azonosítható jellemzői alkalmazhatók új fehérjeszekvenciák esetén^[1] funkcionális jellemzésükhöz.^[2][3]

Az InterPro diagnosztikai aláírásokat és az azoknak jelentős mértékben megfelelő fehérjéket tartalmaznak. E jelek fehérjecsaládokat, -doméneket vagy helyeket leíró modellekből (egyszerűekből, például reguláris kifejezésekből, vagy összetettebbekből, például rejtett Markov-modellekből) állnak. A modellek az ismert családok aminosav-szekvenciáiból épülnek, és ezeket később ismeretlen (például új genom szekvenálásából származó) szekvenciák keresésére használják azok besorolásához. Az InterPro mindegyik tagadatbázisa eltérő részhez járul a nagyon magas szintű, szerkezeti alapú osztályzástól (SUPERFAMILY és CATH-Gene3D) a specifikus alcsalád-besorolásig (PRINTS, PANTHER).

Az InterPro célja a fehérjékről szóló információk egy helyen való megtalálhatósága, ahol minden eltérő adatbázis által adott eredmény az InterPro-adatbázisban lévő bejegyzésekbe kerül. Az ekvivalens doméneket, helyeket vagy családokat adó eredmények egy helyre kerülnek, és a bejegyzések összekapcsolhatók. További információk, például leírás, konzisztens nevek és génontológiai (GO) fogalmak tartoznak minden bejegyzéshez, ha lehetséges.

1. ↑ Hunter S, Jones P, Mitchell A, Apweiler R, Attwood TK, Bateman A, Bernard T, Binns D, Bork P, Burge S, de Castro E, Coggill P, Corbett M, Das U, Daugherty L, Duquenne L, Finn RD, Fraser M, Gough J, Haft D, Hulo N, Kahn D, Kelly E, Letunic I, Lonsdale D, Lopez R, Madera M, Maslen J, McAnulla C, McDowall J, McMenamin C, Mi H, Mutowo-Muellenet P, Mulder N, Natale D, Orengo C, Pesseat S, Punta M, Quinn AF, Rivoire C, Sangrador-Vegas A, Selengut JD, Sigrist CJ, Scheremetjew M, Tate J, Thimmajanarthanan M, Thomas PD, Wu CH, Yeats C, Yong SY (2012. január 1.). „InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database”. Nucleic Acids Research 40 (Database issue), D306-12. o. DOI:10.1093/nar/gkr948. PMID 22096229.  
2. ↑ Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Birney E, Biswas M, Bucher P, Cerutti L, Corpet F, Croning MD, Durbin R, Falquet L, Fleischmann W, Gouzy J, Hermjakob H, Hulo N, Jonassen I, Kahn D, Kanapin A, Karavidopoulou Y, Lopez R, Marx B, Mulder NJ, Oinn TM, Pagni M, Servant F, Sigrist CJ, Zdobnov EM (2001. január 1.). „The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites”. Nucleic Acids Research 29 (1), 37–40. o. DOI:10.1093/nar/29.1.37. PMID 11125043.  
3. ↑ Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Birney E, Biswas M, Bucher P, Cerutti L, Corpet F, Croning MD, Durbin R, Falquet L, Fleischmann W, Gouzy J, Hermjakob H, Hulo N, Jonassen I, Kahn D, Kanapin A, Karavidopoulou Y, Lopez R, Marx B, Mulder NJ, Oinn TM, Pagni M, Servant F, Sigrist CJ, Zdobnov EM (2000. december 1.). „InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites”. Bioinformatics 16 (12), 1145–50. o. DOI:10.1093/bioinformatics/16.12.1145. PMID 11159333.