Proteinska banka podataka

Proteinska banka podataka
Logo PBP-a
Skraćenica	PDB
Datum osnivanja	1971.
Vrsta	Baza podataka
Status	Aktivna
Cilj	Struktura proteina X- kristallografija NMR-determinacija strukture
Jezik	Engleski
Veb-sajt	www.wwpdb.org www.pdbe.org www.rcsb.org/pdb www.bmrb.wisc.edu www.pdbj.org

Proteinska banka podataka, (eng. Protein Data Bank – PDB), je kolekcija 3D podataka o strukturi velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline. Podaci su tipski dobijeni rendgenskom strukturnom analizom ili proteinskom nuklearnom magnetnom rezonantnom spektroskopijom (NMR) . Stvaranju ove zbirke doprinose biolozi i biohemičari širom svijeta. PDB je slobodno dostupan na Internetu, pod nadzorom organizacije pod nazivom Svjetska proteinska banka podataka (eng. Worldwide Protein Data Bank - wwPDB).^[1][2]

Proteinska baza podataka je ključni resurs u oblastima strukturne biologije, kao što je strukturna genomika. Većina vodećih naučnih časopisa i pojedine agencije za finansiranje, kao što je NIH u SAD, zahtevaju od istraživača da unesu svoje podatke o strukturi proteina podatke u PDB. Njen sadržaj se smatra primarnim izvorom, a postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Naprimjer, SCOP i CATH kategorizuju strukture proteina na temelju strukturnog tipa i pretpostavljenih evolucijskih odnosa, a ontologija gena (GO) klasificira strukture na osnovu gena.^[3]

1. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
2. ^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
3. ^ Berman, H. M. (2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective" (PDF). Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography. A64 (1): 88–95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675. Referenca sadrži prazan nepoznati parametar: |quotes= (pomoć)