Gene Ontology

Gene Ontology est un projet bio-informatique destiné à structurer la description des gènes et des produits géniques dans le cadre d'une ontologie commune à toutes les espèces[1]. Ce projet, qui s'inscrit dans la démarche plus large d'Open Biomedical Ontologies (OBO) regroupant d'autres projets bio-informatiques dans le domaine biomédical, poursuit trois objectifs :

  • gérer et enrichir son vocabulaire contrôlé décrivant les gènes et leurs produits,
  • gérer les annotations, c'est-à-dire les informations rattachées aux gènes et à leurs produits,
  • fournir les outils permettant d'accéder aux informations structurées dans le cadre du projet.

La base GO est conçue comme un graphe orienté acyclique, chaque terme étant en relation avec un ou plusieurs termes du même domaine, et parfois d'autres domaines. Le vocabulaire GO est construit pour n'être pas dépendant des espèces considérées, avec des termes applicables à la fois aux organismes multicellulaires et unicellulaires, aux eucaryotes et aux procaryotes.

  1. (en) The Gene Ontology Consortium, « The Gene Ontology project in 2008 », Nucleic Acids Research, vol. 36, no (suppl. 1),‎ , D440-D444 (lire en ligne)
    DOI 10.1093/nar/gkm883 PMID 17984083

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