Am 7. März 2009 wurde Krueger von PräsidentBarack Obama zum Assistant Secretary of the Treasury for Economic Policy (zum Leiter des Office of Economic Policy – der wirtschaftspolitischen Abteilung des US-Finanzministeriums) ernannt. Am 29. August 2011 nominierte Obama Krueger als künftigen Leiter des Council of Economic Advisers (Rat der Wirtschaftsberater im Weißen Haus). Krueger trat am 10. Oktober desselben Jahres die Nachfolge von Austan Goolsbee an.[5][6] Am 10. Juni 2013 teilte Obama mit, dass Krueger an seinen Lehrstuhl an der Universität Princeton zurückkehren wird. Als Nachfolger im Council of Economic Advisers nominierte er Jason Furman.[7]