Die zweite Reise der HMS Beagle vom 27. Dezember 1831 bis zum 2. Oktober 1836 war die zweite Vermessungsexpedition der Beagle unter Kapitän Robert FitzRoy, an der Charles Darwin teilnahm.
Die Beagle überquerte von England kommend den Atlantik, führte detaillierte hydrographische Vermessungen an den Küsten des südlichen Südamerikas durch und kehrte über Tahiti und Australien nach einer Erdumrundung nach England zurück. Ursprünglich sollte die Reise zwei Jahre dauern, letztendlich dauerte sie aber fast fünf Jahre. Darwin verbrachte die meiste Zeit dieser Reise mit Erkundungen an Land. So blieb er drei Jahre und drei Monate an Land sowie 18 Monate auf See.[1] Schon früh auf der Reise beschloss Darwin, dass er ein Geologiebuch schreiben könnte, und er zeigte eine Begabung zum Theoretisieren. In Punta Alta in Argentinien machte er einen bedeutenden Fund von gigantischen Fossilien ausgestorbener Säugetiere, die damals nur von sehr wenigen Exemplaren bekannt waren. Er sammelte und machte detaillierte Beobachtungen von Pflanzen und Tieren. Seine Funde untergruben seinen Glauben an die Doktrin, dass Arten unveränderlich sind, und lieferten zurück in England die Grundlage für seine Ideen zur Evolution durch natürliche Selektion.