L'autofluorescence est l'émission naturelle de lumière (de fluorescence) par des structures biologiques telles que les mitochondries et les lysosomes lorsqu'ils ont absorbé de la lumière, et est souvent utilisée pour distinguer la lumière provenant de marqueurs fluorescents ajoutés artificiellement (fluorophores) [1].
Les molécules d'autofluorescence les plus couramment observées sont le NADPH et les flavines ; la matrice extracellulaire (ECM) peut également contribuer à l'autofluorescence en raison des propriétés intrinsèques du collagène et de l'élastine[1].
En général, les protéines contenant une quantité accrue en acides aminés tryptophane, tyrosine et phénylalanine présentent un certain degré d'autofluorescence[2].
L'autofluorescence se produit également dans les matériaux non biologiques, présents dans de nombreux papiers et textiles. L'autofluorescence à partir de monnaie papier américaine a été démontrée comme pouvant discerner la fausse monnaie de l'authentique[3].